การกำหนดแบ่งภารกิจให้แก่ส่วนราชการ และขอบเขตพื้นที่ขุดลอกคลองและกำจัดวัชพืช กรมชลประทาน รับผิดชอบพื้นที่ในเขตโครงการส่งน้ำบำรุงรักษาของกรมชล ประทาน กรุงเทพมหานคร รับผิดชอบพื้นที่ในเขตกรุงเทพมหานครตามขอบเขตที่ กำหนดในแผนที่ กองบัญชาการทหารสูงสุด กองทัพบก กองทัพเรือและกองทัพอากาศ รับผิดชอบพื้นที่ ในเขต จังหวัดสมุทรปราการฝั่งตะวันออก สำนักงานเร่งรัดพัฒนาชนบท รับผิดชอบพื้นที่เลียบแม่น้ำท่าจีนฝั่งตะวันตก ของพื้นที่ กรุงเทพมหานคร กรมโยธาธิการ รับผิดชอบพื้นที่ในเขตอำเภอพระประแดงและอำเภอพระสมุทรเจดีย์ จังหวัดสมุทรปราการ การรถไฟแห่งประเทศไทยและกรมทางหลวง ดำเนินการขุดลอกและกำจัดผักตบชวา ตามอาคาร ต่างๆ ในลำคลองในส่วนที่ดูแลและก่อสร้าง เช่น ท่อลอด สะพาน ฯลฯ ในทางปฏิบัติหน่วยงานต่างๆ จะดำเนินการในลักษณะเกื้อหนุนซึ่งกันและกัน
ในทางปฏิบัติหน่วยงานต่างๆ จะดำเนินการในลักษณะเกื้อหนุนซึ่งกันและกัน
